Детская инфекционная клиническая больница №5 города Москвы имеет 6 лечебных отделений и отделения интенсивной терапии и реанимации, бактериологическую и клинико-диагностическую лаборатории, рентгеновский кабинет и кабинет функциональной диагностики. Больница является центром для лечения детей больных ботулизмом.